早在2012年该项目在审批阶段的时候，因为安宁的环境容量已经不足，地理位置也很敏感，因此环保部提出了诸多要求才终批准了该项目的上马。其中包括采用更清洁的全加氢工艺，以及腾出环境容量等等。2015年3月，当时参与该项目环评的一位专家告诉南都记者：云南石化项目有可能料定环保部不会轻易批复这样的改变，所以迟迟不上报，更是在赌环保部不会轻易叫停这个“重大项目”。

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2015年3月25日，《南方都市报》曾刊发报道《被架空的环评》，揭示该项目擅自改扩建的违法事实。当时，环保部一位官员告诉南都记者，“如果他们已经按照其他方案在建设了，建了没有批准建的会对环境造成很大影响的东西，就可以说是未批先建或者擅自变更。这是严重违反《环境保护法》的行为。”
中石油表示认罚并补办环评手续
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本月24日，环境保护部向中石油云南石化有限公司发出环法[2015]70号行政处罚决定书，叫停违法建设的云南安宁炼油项目，并处以20万元的罚款。
擅自开工建设对环境有大影响的项目
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根据这份“决定书”，环保部指出，中石油1000万吨/年炼油项目环境影响评价文件于2012年7月经环保部批复，2013年2月开工建设。2015年4月，环保部调查发现该项目建设内容发生重大变动，未重新报批环评文件而擅自开工建设。
2015年3月31日，环保部西南督察中心对云南石化项目进行了现场勘查，随后的一个月之内，西南督察中心又对该项目进行了补充调查取证，并于2015年6月18日正式对云南石化公司发出《行政处罚听证告知书》，根据《环境保护法》和《环境影响评价法》的相关要求，责令其立即停工并罚款20万元。
2015年7月，环保部正式受理了安宁石化1300万吨/年炼油项目的变更环评报告。根据中石油新提交的这份环评报告，此前南都报道的该项目诸多改建行为都得到了印证。除此之外，新提交的环评报告书也提出，在次的环评过程中，该项目选址的地质问题和地下水调查评估存在疏漏，目前已经建好大半的炼油厂东北部区域的地下，发现大量密集的溶洞和空洞。

据悉，施工过程中，中石油已经采取一些工程措施进行弥补，但具体会有怎样的影响，在审批过程中会有专家团队进行进一步评估论证。

2015年6月28日，中石油向环保部书面表示：不申请听证，不进行陈述、申辩。接受处罚并且着手开始补办环评手续。
然而，当时的中石油并未承认自己在违法改扩建该项目，云南石化公司也拒绝向南都作出任何解释，但经南都现场调查发现，这个炼油厂不仅常减压规模由1000万吨/年扩大到1300万吨/年，原本只批准了4个10万吨级的原油储罐也已经建成了10个。厂区布局、工艺流程全部都已经发生了重大改变，原本更为清洁但成本更高的全加氢工艺也已经被调整，新增了120万吨/年的延迟焦化装置区。